Hội đồng An ninh là sự kế thừa của Hội đồng An ninh Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa Xô viết Liên bang Nga (tháng 8 - tháng 12 năm 1991) và Hội đồng Liên bang và các vùng lãnh thổ (25/12/1991 - 3/4/1992).

Ngày 3/6/1992 Tổng thống Boris Yeltsin ký nghị định 547 thành lập Hội đồng An ninh Liên bang Nga. Hội đồng không phát huy được quyền lực cần thiết cho tới năm 1996 khi Alexander Lebed cựu tướng Lục quân,ứng viên Tổng thống được bổ nhiệm làm Thư ký Hội đồng. Tháng 7 năm 1996 nghị định mới của Tổng thống mở rộng quyền lực của Hội đồng, và trực tiếp Tổng thống quản lý. Hội đồng định kỳ họp 1 tháng 1 lần.

Hội đồng An ninh đã tham gia với các cuộc chiến của Nga với Chechnya, Georgia và cuộc khủng hoảng Ukraine.